Pebalap Spanyol berusia 21 tahun itu juga menjadi pebalap pertama dalam 43 tahun yang memenangi tiga putaran pertama di posisi start terdepan.
Rekan setimnya di Honda Daniel Pedrosa menduduki urutan kedua, sedangkan duet Yamaha Jorge Lorenzo dan Valentino Rossi menghuni urutan ketiga dan keempat.
Marquez yang sebelumnya meraih kemenangan di Doha dan Austin, sempat terpuruk ke urutan kelima setelah start buruk, yang membuat juara dunia 2010 dan 2012 Lorenzo mampu merangsek ke depan.
Juara dunia sembilan kali Rossi naik ke urutan ketiga, namun Lorenzolah yang mampu bertahan di depan.
Pada balapan yang terdiri dari 25 putaran ini, juara dunia Marquez mampu merebut urutan terdepan dan tidak pernah lagi menyerahkan posisi itu pada pebalap lainnya.
Lorenzo berupaya keras mengamankan urutan kedua, namun sepeda motor Honda Pedrosa memiliki lebih banyak tenaga dan rekan senegaranya itu dapat menyalipnya pada putaran terakhir.
Marquez unggul 1,837 detik atas Pedrosa, sementara Lorenzo tertinggal 3,201 detik, dan Rossi nyaris tertinggal lima detik di belakangnya.
Marquez telah mengumpulkan angka sempurna yakni 75 angka di klasemen kejuaraan MotoGP, sedangkan Pedrosa berada di peringkat kedua dengan 56 angka, dan Rossi di peringkat ketiga dengan 41 angka.
"Awalnya sulit. Ban-ban saya tidak bagus dan saya tertinggal ketika saya berada di sisi trek yang kotor," tutup sang juara dunia.
Hasil MotoGP Argentina
1. Marc Marquez ESP Repsol Honda Team (RC213V) 41m 39.821s
2. Dani Pedrosa ESP Repsol Honda Team (RC213V) 41m 41.658s
3. Jorge Lorenzo ESP Movistar Yamaha MotoGP (YZR-M1) 41m 43.022s
4. Valentino Rossi ITA Movistar Yamaha MotoGP (YZR-M1) 41m 44.719s
5. Stefan Bradl GER LCR Honda MotoGP (RC213V) 41m 54.850s
6. Andrea Iannone ITA Pramac Racing (Desmosedici) 41m 59.268s
7. Bradley Smith GBR Monster Yamaha Tech 3 (YZR-M1) 42m 4.013s
8. Pol Espargaro ESP Monster Yamaha Tech 3 (YZR-M1)* 42m 8.939s
9. Andrea Dovizioso ITA Ducati Team (Desmosedici) 42m 13.494s
10. Hiroshi Aoyama JPN Drive M7 Aspar (RCV1000R) 42m 23.100s
11. Nicky Hayden USA Drive M7 Aspar (RCV1000R) 42m 23.173s
12. Yonny Hernandez COL Pramac Racing (Desmosedici) 42m 24.640s
13. Karel Abraham CZE Cardion AB Motoracing (RCV1000R) 42m 24.999s
14. Scott Redding GBR Go&Fun Honda Gresini (RCV1000R)* 42m 28.477s
15. Aleix Espargaro ESP NGM Forward Racing (Forward Yamaha) 42m 32.071s
16. Hector Barbera ESP Avintia Racing (Avintia) 42m 33.326s
17. Michele Pirro ITA Ducati Team (Desmosedici) 42m 33.490s
18. Michael Laverty GBR Paul Bird Motorsport (PBM-ART) 42m 36.391s
19. Mike Di Meglio FRA Avintia Racing (Avintia)* 42m 42.961s
20. Colin Edwards USA NGM Forward Racing (Forward Yamaha) 42m 45.581s
21. Broc Parkes AUS Paul Bird Motorsport (PBM-ART)* 42m 56.543s