Rekan setimnya di Honda menduduki urutan kedua, tertinggal 0,36 detik, sedangkan Andrea Iannone yang terlihat kuat pada Ducatinya melengkapi baris terdepan dengan menduduki urutan ketiga.
Pebalap Spanyol Marquez mendapat hasil buruk di Grand Prix San Marino, namun ia masih unggul 74 angka atas Pedrosa di klasemen. Ia berupaya untuk menyamai rekor pebalap Australia Mick Doohan yang ditorehkan pada 1997, untuk mencatatkan 12 kemenangan di kategori tertinggi.
Pedrosa dan Valentino Rossi bersaing ketat untuk menduduki peringkat kedua, dan mereka hanya terpaut satu angka.
Pebalap Yamaha Rossi menempati urutan keenam pada kualifikasi untuk balap Minggu.
Berikut adalah susunan start untuk Grand Prix Aragon yang akan dilangsungkan pada Minggu, setelah kualifikasi terakhir pada Sabtu:
1.Marc Marquez (Spanyol/Honda) 1 menit 47,187 detik.
2. Dani Pedrosa (Spanyol/Honda) selisih 0,362 detik.
3.Andrea Iannone (Italia/Ducati Pramac) selisih 0,498 detik.
4. Pol Espargaro (Spanyol/Yamaha Tech3) selisih 0,678 detik.
5. Cal Crutchlow (Britania Raya/Ducati) selisih 0,710 detik.
6. Valentino Rossi (Italia/Yamaha) selisih 1,039 detik.
7. Jorge Lorenzo (Spanyol/Yamaha) selisih 1,059 detik.
8. Stefan Bradl (Jerman/Honda-LCR) selisih 1,181 detik.
9. Andrea Dovizioso (Italia/Ducati) selisih 1,355 detik.
10. Aleix Espargaro (Spanyol/Yahama) selisih 1,381 detik.