Penampilan ganda putra Indonesia di Thailand Open 2016 berbanding terbalik dengan ganda putri. Jika ganda putri gagal mengirim satu pun pasangan ke babak semifinal, dua ganda putra asal Indonesia sukses menembus babak semifinal.
Pasangan pertama, Fajar Alfian dan Muhammad Rian Ardianto, berhasil lolos ke babak semifinal setelah mengalahkan pasangan ganda putra asal Taiwan. Fajar/Rian sukses mengalahkan duet Lee Jhe Huei dan Lee Yang melalui tiga set dengan skor 21-13, 27-29, dan 19-21.
Fajar/Rian lolos setelah menang atas pasangan ganda putra Taiwan
Ganda putra lainnya, Rian Agung Saputro dan Berry Angriawan, sukses menundukkan pasangan asal Malaysia pada babak perempat final. Rian/Berry mengalahkan Hoon Thien How dan Teo Kok Siang dua set langsung, 21-16 dan 21-17, untuk lolos ke semifinal.
Pada babak semifinal nanti, Fajar/Rian akan menghadapi perwakilan Jepang, Takuto Inoue dan Yuki Kaneko. Sementara Rian/Berry bakal meladeni pasangan asal Malaysia, Lim Khim Wah dan Ong Jian Guo.