CEO PT Liga Indonesia Joko Driyono mengatakan babak 12 besar akan menganut sistem kompetisi penuh dengan format pertandingan home and away.
Putaran pertama 12 besar divisi utama akan berlangsung pada 28 Juni, 2 Juli dan 6 Juli 2013. Putaran kedua akan bergulir setelah Hari Raya Idul Fitri, yaitu pada 19 Agustus, 23 Agustus dan 27 Agustus 2013.
“Liga akan memakai format kompetisi penuh agar memenuhi kuota bermain sebuah kompetisi,” kata CEO PT Liga Indonesia Joko Driyono, Kamis (13/06/13).
“Tahu sendiri penyisihan grup, klub bermain hanya sedikit, terutama grup 1 karena divisi utama dipecah jadi 5 grup agar pengeluaran klub bisa ditekan. Liga menghilangkan sistem home tournament.”
Kontestan putaran 12 besar adalah klub juara dan runner up Grup 1 (2 klub), Grup 4 (2), Grup 5 (2), juara, runner up dan peringkat ketiga Grup 2 (3), serta juara, runner up dan peringkat 3 Grup-3 (3).
Klub yang berhak ke semifinal adalah masing-masing juara grup 12 besar dan runner up terbaik. Semifinal akan berlangsung pada 06 September 2013 dan final pada 10 September 2013.
Usai partai final, partai play off akan tersaji untuk memperebutkan satu slot ke Liga Super, antara peringkat ke-15 Liga Super melawan peringkat ke-4 (semifinalis divisi utama) pada 17 September 2013.
Klub peserta 12 besar adalah PS Bangka, Persisko Tanjabbar, PSIS Semarang, PSCS Cilacap, Persikabo, Persebaya, Perseba Super Bangkalan, Perseta Tulungagung, Perserui Serui, PSBS Biak, Persik Kediri, PSMP Mojokerto.