Pasukan Andre Villas-Boas tertinggal 2-4 pada menit ke-87 ketika para penggemar St Petersburg melancarkan serangan dan memaksa pertandingan dihentikan.
Salah seorang penggemar terlihat meninju kepala kapten Dynamo, Vladimir Granat. Granat dibantu meninggalkan lapangan dalam kondisi linglung.
Federasi sepak bola Rusia belum memberikan komentar mengenai masalah-masalah yang terjadi, namun Zenit sekarang menghadapi kekalahan 0-3 otomatis dan sanksi-sanksi lainnya.
"Semua orang melihat apa yang terjadi," kata pelatih Dynamo Stanislav Cherchesov.
Musim lalu Zenit mendapat kekalahan teknis 0-3 di Dynamo setelah kembang api yang dilemparkan oleh penggemar Zenit melukai kiper Dynamo Anton Shunin.
Zenit juga dijatuhi denda 35.000 dolar dan harus memainkan dua pertandingan tanpa kehadiran penonton. Zenit menyelesaikan musim dengan menduduki peringkat kedua, tertinggal dua angka dari sang juara CSKA Moscow.
Tahun ini, penentuan gelar kembali dapat diputuskan melalui hukuman. Pasukan Villas-Boas tidak terkalahkan dalam tujuh pertandingan menjelang pertandingan ini dan unggul satu gol pada menit keenam.
Gelandang Portugal Miguel Danny menembakkan bola pantul setelah kiper Dynamo Vladimir Gabulov menahan tembakan jarak dekat Salomon Rondon.
Dynamo menyamakan kedudukan pada menit ke 35. Artur Yusupov menembakkan bola dari dalam kotak penalti dengan bantuan pantulan bek sayap Italia Zenit Domenico Crisito.
Pada menit ke 57 bek Argentina Leandro Fernandez membawa Dynamo unggul melalui tandukan dari tendangan penjuru. Gelandang Ekuador Christian Noboa memperbesar keunggulan Dynamo menjadi 3-1 dengan tandukan lain delapan menit kemudian.
Penyerang Jerman Kevin Kuranyi mencetak gol keempat Dynamo pada menit ke 71, ketika pemain internasional Rusia Alexander Kherzakov memperkecil ketinggalan Zenit pada menit ke 84.