Fernandez (28) dipertahankan oleh pelatih Jorge Sampaoli di tim berisi 27 pemain, yang telah dipangkas dari 30 pemain pada akhir pekan lalu.
Ia baru tiba di ibukota Chile Santiago, ketika ia mendapati bahwa patah parsial pada ligamen-ligamen pergelangan kakinya yang telah mengganggunya selama beberapa pekan harus dilakukan operasi.
"Ini sangat menyedihkan, namun akan menjadi hal yang tidak bertanggung jawab bagi saya untuk pergi ke Piala Dunia," kata Fernandez, mantan pemain Villarreal dan Sporting Lisbon, serta sempat bermain untuk Chile pada Piala Dunia 2010, pada konferensi pers.
"Saya tidak pernah berpikir (cedera) ini begitu serius," lanjut Fernandez.
Pelatih Chile, Jorge Sampaoli harus memangkas timnya menjadi 23 pemain pada 2 Juni, dan ia juga memiliki kekhawatiran mengenai gelandang Juventus Arturo Vidal yang masih menjalani pemulihan dari operasi lutut.
Chile memulai perjalanan mereka di Grup B Piala Dunia melawan Australia pada 13 Juni di Cuiaba, sebelum menghadapi Spanyol di Rio de Janeiro, dan Belanda di Sao Paulo.