Pako ditunjuk sebagai pelatih Los Che pada Maret lalu menggantika Gary Neville. Namun, di musim 2016/17 ini ia gagal menunjukkan tajinya setelah Valencia berada di posisi 19 tanpa meraih satu poin.
Dalam tiga pertandingan awal La Liga musim ini Valencia tumbang dari Las Palmas, Eibar, dan Real Betis.
Situasi tersebut menjadi darurat bagi klub berlambang kelelawar. Direktur Valencia, Garcia Pitarch, langsung berada di ruang ganti setelah kekalahan dari Betis, dan hadir di tempat latihan pada Senin (12/09/16).

Menurut kabar Super Deporte yang dilansir Football Espana, nasib Pako akan ditentukan usai menghadapi Athletic Bilbao. Jika pria 53 tahun itu gagal meraih kemenangan, ia harus angkat kaki dari klub.
Valencia saat ini tengah berjuang kembali ke papan atas klasemen pasca diambil alih oleh pengusaha asal Singapura, Peter Lim, pada 2014. Pengambil alihan itu terjadi setelah klub mengalami masalah keuangan.