Stefano Lilipaly mengawali debutnya bersama Timnas Indonesia di ajang Piala AFF pada tahun ini. Debutnya di Piala AFF 2016 mengundang decak kagum dari para pencinta sepakbola nasional.
Ia bermain dengan penuh semangat dan determinasi yang tinggi. Lilipaly mampu menjadi aktor penentu Timnas Indonesia melaju ke babak semifinal Piala AFF 2016.
Saat itu, pemain berumur 26 tahun itu mencetak satu dari dua gol kemenangan 2-1 Timnas atas Singapura pada laga terakhir Grup A Piala AFF 2016. Kemenangan itu membuat Timnas meraih tiket semifinal dengan status runner up menemani Thailand sebagai juara grup.
Aksi Stefano Lilipaly bersama Timnas Indonesia.
Timnas meraih 4 poin dari 3 laga. Sebelumnya, Timnas Garuda takluk 2-4 dari Thailand dan imbang 2-2 kontra Filipina pada dua laga babak penyisihan Grup A.
Lilipaly kembali menunjukkan penampilan gemilangnya kala menyumbang satu dari dua gol hasil imbang 2-2 Timnas kontra Vietnam, dalam laga semifinal kedua di Stadion My Dinh, Hanoi, 07 Desember lalu. Hasil tersebut membuat Timnas melangkah ke final Piala AFF 2016 usai menang agregat 4-3 dari The Golden Stars. Sebelumnya, Timnas menang 2-1 atas Vietnam dalam laga semifinal pertama di Stadion Pakansari, Cibinong, Bogor, 03 Desember lalu.
Performa apik Lilipaly bisa dilihat dalam sebuah statistik dari Labbola. Lilipaly sukses menyumbang 2 gol dari 7 pertandingannya bersama Timnas di Piala AFF 2016. Ia juga sukses membukukan 172 operan yang sempurna.
Sayang, performa apik Lilipaly gagal membawa Timnas menjadi juara Piala AFF 2016. Timnas kalah agregat 2-3 dari Thailand dalam dua laga final dengan sistem kandang-tandang.